0.4.7 in Arbeit

02.09.2010

• arcadia 1.0r2, vmd 1.8.7 hinzugefügt

0.4.6

• systems biology workbench Version 2.8.1, STSE funktioniert wieder aus dem Menü heraus, Kernelupdate.

0.4.5 ist fertig!

• Softwarestand siehe 0.4-beta4 oder auch http://www.sbos.eu/doku.php?id=software_included0.4.5
• Nur kleine Bugfixes: z.B. wird bei der Installation das SB.OS-Repo nicht mehr vergessen
• Ist hier auf 4 Rechnern im Einsatz; Einschränkung bei nachträglicher “Umwandlung” ist nur das Fehlen von OpenAlea sowie STSE. Beim derzeitigen Stand kann das nur manuell installiert werden (und dann auch nur unter 32bit)

0.4-beta4 in Arbeit

• Basis jetzt ubuntu lucid, neu aufgesetzt
• Neu dabei: Protégé http://protege.stanford.edu/, JSim http://www.physiome.org/jsim/, SQUAD http://www.enfin.org/wiki/doku.php?id=enfin:squad:start, BooleanNet http://code.google.com/p/booleannet/, PySCeS http://pysces.sourceforge.net/download.html, BioNetGen http://bionetgen.org/index.php/Documentation
• Updates: Celldesigner 4.1beta, BioModels 270410 (release 17), isatools-1.2, vanted-1.9, taverna-workbench-2.1.2
• libsbml-3.4.1 ist jetzt gesplittet (libsbml, libsbml-dev, libsbml-python, libsbml-java, libsbml-matlab)
• Umstellung auf amd64 geschafft; SB.OS kann prinzipiell in beiden Architekturen genutzt werden. Ausnahme: OpenAlea. Binaries gibt es nur in 32 bit, Kompilieren ist sehr kompliziert.
• Repository eingerichtet: einfach “deb http://jaguar.biologie.hu-berlin.de/sbos/ lucid main” in die /etc/apt/sources.lst eintragen, aptitude update, dann die gewünschten Programme installieren.

getestet mit Ubuntu lucid und karmic (da aber karmic in die sources.lst …). Sollte mit anderen Debian-basierenden Distros auch gehen.

• Für die volle Packung: aptitude install sb.os-desktop

0.4.3 beta verfügbar; eventuell Probleme mit STSE und ATI-Grafik

• semanticSML-1.0.11
• Updates für STSE, Systemupdates u.v.a.

0.3.5 wir sind dabei…

• User ist sbos, nicht mehr ubuntu
• eine “eingeschränkte” Version für den Lehrbetrieb: der automatisch eingeloggte User ist “sbos”, hat keine administrativen Rechte und kann so die Festplatte nicht verändern, darf aber “externe” Datenträger benutzen
• semanticSBML-1.0.9
• TIde muß nicht mehr mit sudo laufen…
• Taverna, isa-tools installiert
• Basis auf ubuntu jaunty aktualisiert, wegen einiger Probleme neu aufgesetzt auf karmic- Basis am 06.11.09
• ModelMaGe aktualisiert auf 1.0beta, ins Menü eingetragen
• SBMLSqueezer aktualisiert auf 1.2.3
• neue BiNoM-Version (Plugin für Cytoscape)
• Cytoscape Version 2.6.3
• sundials cvode und serial solvers
• Edinbourgh Pathway Editor 1.3.0 integriert
• R 2.9.2
• Vanted 1.76
• SBML-PET 2.3.5
• Taverna 2.1 beta 2
• Systems Biology Workbench ist drauf
• STSE Editor und Viewer eingebaut, PlantGL geht wieder (libboost sei Undank)

0.3.4

• Fehlerbereinigte TIde-Version 1.2.1 (Versionsnummer NICHT angepasst, sollte so bleiben)
• usplash-theme erstellt (usplash-theme-sbos 0.3.4)
• IMMER ANPASSEN: remaster-iso/isolinux/* und README.diskdefines. Besonders auf Datum/Bezeichnung achten!
• SBMLsqueezer 1.1 installiert
• Desktop/Licenses links repariert
• BioModels jetzt in /opt/Models/BioModels/, Doku angepasst, YeastNet- Models (jamboree) liegen unter /opt/Models/YeastNet/
• Menu-System “richtig” eingebunden: /etc/xdg/menus/SystemsBiology.menu und /etc/xdg/menus/applications-merged/SystemsBiology.merde.menu angelegt.
• semanticsbml-1.0.8, sbml2latex-0.9.7, sbmleditor-1.3.3 sind neu dabei
• Doku aktualisiert, neues Logo eingebaut.
• Update auf Kernel 2.6.27-14-generic, /boot/initrd*.gz nach ../../remaster-iso/casper/initrd.gz kopiert
• Endlich usplash angepasst: ein so kleiner Bug kann einen so lang beschäftigen: in file usplash-theme-sbos.c, line 53 change the '400' in '.pixmap = &pixmap_usplash_640_400,' to '480'
• gdm angepasst: gdm-sbos ist Standardthema
• Isolinux-Hintergrundbild: einfach remaster-iso/isolinux/splash.pcx und splash.png austauschen, 256 Farben gehen.
• Lizenz- Frage jetzt am Anfang der initrd, viel besser so…
• Ändern der Hintergrundfarbe (weiss) beim Start von X: in /etc/gdm.conf-custom “GraphicalThemedColor=#ffffff”
• displaySBML jetzt im Menü als sbml2latex
• SciTe (Editor), python-ply, ipython für pysces installiert, pysces läuft auch. Menüeintrag dafür?
• StarWars ist installiert (telnet towel.blinkenlights.nl)
• einige Fehlermeldungen in sbml2latex/latex werden durch das Kopieren des Verzeichnisses /usr/share/sbml2latex/src/resources/ in das Arbeitsverzeichnis behoben
• Cytoscape-2.6.2 und BiNom (keine Versionierung, wie's scheint) sind mit drauf, OpenAlea/VisuAlea aktualisiert
• SBOS 0.3.4 ist fertig!

0.3.3

• Doku repariert (es fehlten die Videos!)
• …und gstreamer0.10-plugins-ugly + gstreamer0.10-ffmpeg fehlten
• Visualea startet mit xterm wegen Bug: VisuAlea plottet nur, wenn es eus einem Terminal gestartet wird.

0.3.2

• Geänderte config für semanticSBML, SemanticSBML- Daten nach /opt verschoben, da semanticsbml in der config nicht mit relativen Pfaden umgehen kann
• Doku und Optik von ubuntu4systemsbiology befreit

• neu aufgesetzt am 01.05.2009, um ein entschlacktes system zu erhalten. Paketbau NICHT mehr in remaster-root, sondern auf anderen Maschinen (oder in /home/ivo/Dokumente/sysbuntu/remaster-root), um die DVD nicht zuzumumüllen.
• celldesigner-4.0.1
• copasi-4.4.29
• dialog # fuer /etc/init.d/checklicense.sh
• gnuplot
• libcgal-dev #fuer OpenAlea
• libncurses5-dev #fuer OpenAlea
• libqhull5 #fuer OpenAlea
• libsbml-3.3.2
• libqt4-opengl-dev #fuer OpenAlea
• libwxgtk2.8-dbg #fuer xmlcopyeditor
• libxerces-c28 #fuer xmlcopyeditor
• libxerces2-java #fuer celldesigner
• python-epydoc
• python-gnuplot
• python-matplotlib
• python-numarray
• python-numeric
• python-numpy
• python-pyx
• python-qt4
• python-rpy
• python-scipy
• python-soappy
• semanticsbml-1.0.7
• texlive-latex-extra
• tide-1.2
• xmlcopyeditor-1.2.0.2
• xppauth-5.98
• fuer OpenAlea: python-qt4 libboost-python1.34.1 python-scipy gnuplot libqhull5 python-matplotlib libncurses5-dev libcgal-dev libqt4-opengl-dev texlive-latex-extra python-rpy libboost-python.so nach libboost_python.so.3 verlinken, alle “*.so”- Bibliotheken aus /usr/local/lib muessen nach /usr/lib verlinkt werden, und aus libncurses.so.5 werden libtinfo.so und libtinfo.so.5 …und laeuft…
• noch nicht in *.deb ausgelagerte eigene Anpassungen liegen momentan im “alten” sysbuntupfad unter usr/local/src/files4sbos

• remaster-iso/.disk/* ändern!!!
• ~/.semanticSBML/config anpassen, db ändern