Inhaltsverzeichnis
Software higher priority
FASIMU for flux balance analysis
Software lower priority
- SBRML lib (.NET based needs Mono) http://sbrml.sourceforge.net/SBRML/Welcome.html
- SBGN: Arcadia (completly untested http://arcadiapathways.sourceforge.net/)
- Javasim (http://sys-bio.org/sbwWiki/sbw/javasim) ???
- E-cell System
- SBML ODE Solver (Christoph Flamm University of Vienna, Austria www die haben auch iher eigene LiveCD gemacht, Debian based, mit tutorials, emial kontakt aufnehmen) # funktioniert aber nur mit _alten_ Bibliotheken (libsbml u. sundials); trotzdem integrieren?
- iBioSim (genetic networks)
- Dizzy (last release in 2006)
- YAMS Yet Another Mesoscopic Simulator (http://www2.hu-berlin.de/biologie/theorybp/wiki/pmwiki.php?n=Main.YAMS)
- MesoRD http://mesord.sourceforge.net/ (outdated?)
- smoldyn http://www.smoldyn.org/
- ByoDyn http://cbbl.imim.es:8080/ByoDyn/download (python tool for scanning parameter spaces)
- paxtools http://www.biopax.org/paxtools/
Models
- BioCyc, EcoCyc, …
- JWS Online